Magneettikuvauksen ja tietokonetomografian ero perustuu kuvan muodostumisen fysikaalisiin ominaisuuksiin. Tietokonetomografia käyttää kuvan muodostumiseen haitallista röntgensäteilyä, kun taas magneettikuvaus käyttää veden magneettisia ominaisuuksia. Siten magneettikuvaus on haitaton tutkimus.