Magneettikuvauksessa varjoaineita (tai merkkiainetta) ei nykyään juurikaan käytetä. Merkkiainetta on historiallisesti käytetty magneettitutkimuksissa, jotta mm. kehon anatomia erottuisi paremmin, mutta laitteiden tarkkuus on kehittynyt niin paljon, että merkkiainetta käytetään enää poikkeustapauksissa.