Bakteeri, viljely 1 aerobi- ja anaerobiviljely, syvämärkä (3491 Pu-BaktVi1)

Indikaatiot

Infektiot, joissa aiheuttajiksi on aihetta epäillä anaerobisia bakteereita, yksin tai aerobisesti kasvavien bakteerien ohella. Syvä märkäkeräymä limakalvojen läheisyydessä (pää, kaula, lantion seutu), eritteen paha haju, infektioille altistava perussairaus (esim. diabetes) ja infektion kroonistuminen ovat viitteitä anaerobibakteerietiologiasta.

Nuorilla anaerobi-infektiot ovat harvinaisia mutta immuunipuolustuksen heikentyessä ne lisääntyvät.

Näyteastia

Näytteestä ja ottokohdasta riippuen vaihtoehtoisia ovat:

  • Bakteerikuljetusputki Amies Transystem M40 (haava, absessi yms.)
  • eSwab, näytteenotto- ja kuljetusputki, regular tai mini (haava, absessi, kudospala)
  • Anaerobiampulli Port-F, bioMerieux (ruiskuun otettu näyte)

Näyte

Kypsä märkäerite on huono näyte sisältäen yleensä enimmäkseen kuolleita bakteereita. Infektion etenemisrintamasta (absessin seinämä, haavan pohja) saatu erite sisältää elävää aiheuttajabakteeria ja minimimäärän mm. haavaa kolonisoivia ympäristön ja normaaliflooran bakteereita.

Punktionäyte on mahdollisuuksien mukaan parasta ruiskuttaa anaerobiampulliin (geelin päälle). Vaihtoehdot ovat imeyttää mahdollisimman paljon ruiskuun otettua näytettä bakteerikuljetusputken vanutikkuun tai ruiskuttaa näyte eSwab-liemeen. eSwab-putkeen on aina työnnettävä putkeen kuuluva nukkatikku, joka sisältää bakteerien säilymistä edistäviä aineita.

Krooninen alaraajan tai lantion alueen haava (mm. palovamma, säärihaava, diabeetikon haava) kolonisoituvat ympäristön ja ihon bakteereilla, eikä niistä kannata ottaa sivelynäytettä yleensä edes puhdistuksen jälkeen. Paras näyte on puhdistuksen jälkeen tulehdusrintamasta rengasveitsellä otettu kudospala.

Näytteen oheistiedot ovat tutkimuksen suorittamisen kannalta ensiarvoisen tärkeitä. Ennen kaikkea anatominen ottokohta ja mahdolliset altistavat tekijät (mm. vierasesine) on tärkeä mainita lähetteessä.

Näytteen säilytys

1 vrk jääkaappilämpötilassa (2 – 8 oC)

Näytteen kuljetus

Viileässä (2 – 14 oC)

Menetelmä

Viljely kiinteille elatusaineille sekä aerobi- että anaerobiatmosfääreihin. Merkitseviksi katsotut bakteerit tunnistetaan ja niille tehdään tarvittaessa lääkeherkkyysmääritys.

Tutkimus on akkreditoitu aerobisesti kasvavien bakteerien osalta.

Tulokset valmiina

Alustava vastaus pyritään antamaan heti kun relevanttia tietoa löydöksestä on olemassa. Aerobikasvun suhteen negatiivinen löydös vastataan alustavasti yhden ja lopullisena kahden vuorokauden kuluttua. Positiivinen löydös vaatii yleensä yhden vuorokauden enemmän.

Anaerobikasvun suhteen negatiivinen löydös vastataan alustavana kahden vrk kuluttua ja lopullinen 7 vuorokauden kuluttua. Anaerobibakteerien vaihtelevasta kasvunopeudesta johtuen löydös voi tulla positiiviseksi jopa vasta seitsemän vuorokauden kuluttua. Valtaosassa tapauksia kasvua ilmenee kuitenkin jo kahden vuorokauden inkubaation jälkeen, jolloin annetaan alustava vastaus anaerobilöydöksestä.

Tulkinta

Yhden bakteerilajin runsas esiintyminen näytteessä on vahva viite etiologiasta. Virulentin bakteerin niukempikin määrä on katsottava merkitseväksi.

Anaerobi-infektiot ovat yleensä sekainfektioita ja useimmiten hoitopäätöksen tueksi riittääkin tieto anaerobakteerien esiintymisestä ilman lajimääritystä. Runsaimpina esiintyvät ja tunnetusti virulenteimmat lajit (mm. Bacterodes fragilis –ryhmä, Clostridium-lajit, fusobakteerit, tietyt grampositiiviset kokit) pyritään kuitenkin tunnistamaan. Pääsääntö on, että navan yläpuoliset anaerolöydökset ovat herkkiä penisilliineille kun taas navan alapuolella penisilliineille luonnostaan resistentti B. fragilis –ryhmä on hallitseva, minkä vuoksi metronidatsoli on luotettavin lääkevaihtoehto.

Ihon pintaan tai limakalvolle rajoittuva infektiofokus on altis normaaliflooran kontaminaatiolle, mitä useimmiten on mahdotonta täysin välttää. Anatomisesta näytteenottokohdasta riippuen laboratorio pyrkii erottamaan oleellisen epäoleellisesta ja antamaan vastauksen, jossa mahdollinen patogeeni raportoidaan näytteessä mahdollisesti esiintyvää sekafloorataustaa vasten.